starl, то, о чём Вы спрашиваете, называется
стеганографией.
Естественно, стеганография применяется именно для хранения/передачи информации, а не для постоянной работы со скрываемой информацией. Для последнего случая
уже предложили выше правильный подход.
Приложение, как и файл образа устройства TrueCrypt можно держать на сменном носителе (и даже на разных 
).
