UncleGekz, очень похоже, что вы сделали файл конфигурации при отключенном втором диске. По этому файлу вторая система не наблюдается. Почитайте
http://www.oszone.net/10998/Edit_Boot_Menu#add - обратите внимание на команду
Код:
bootrec /rebuildbcd
Если будут трудности - переделайте файл bcdcfg.txt при двух подключенных HDD.
