[Foreigner]

Harik,
Команда start интерпретирует первую пару кавычек, как заголовок будущего окна. Поэтому start "%file%" запустит еще один экземпляр cmd с заголовком %file% ( или значением этой переменной если она определена ), а не программу из этой переменной, как вы ожидали.