Пускайте при старте иксов setxkbmap с нужной раскладкой. Сделать это автоматически можно сто и одним способом, наиболее универсальный наверное в файл ~/.xinitrc что-то типа:
Код:
setxkbmap -option grp:ctrl_shift_toggle,grp_led:scroll us,ru
А вообще, для начала запустите эту команду просто в эмуляторе терминала, а уж если сработает как надо, запихивать в автостарт.
PS Можно посмотреть текущие правила setxkbmap командой setxkbmap -print -verbose 10
