wolkow70,
исходя из-за каких задач...
CreateDirectory "$INSTDIR\config\BACKUP"
CopyFiles /silent "$INSTDIR\config\*" "$INSTDIR\config\BACKUP"
одно и тоже но... разницу видете -
я думаю, что вы не видете 
CreateDirectory "$INSTDIR\config\BACKUP"
CopyFiles /silent "$INSTDIR\config" "$INSTDIR\config\BACKUP"
