mugensamara,
Через reg.exe:
Код:

REG ADD "HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Environment" /v "JRE_HOME" /d "C:\Program Files\Java\jre6" /f
или через wmic.exe:
Код:

WMIC ENVIRONMENT CREATE Name="JRE_HOME",VariableValue="C:\Program Files\Java\jre6",UserName="<SYSTEM>"
... и перезагрузка.
P.S. Все это можно и в инсталляторе сделать, без батников.
P.P.S. Java можно установить и не на диск C: и не в Program Files, используйте переменные.