Удалить все лишнее с сервера.
Если rdpclip действительно нужен то оставить, ели нет то запретить в свойствах терминального сервера и поотключать маппинг портов, принтеров и пр.
В общем выключить все лишнее и смотреть что получится в итоге.
PS что есть "нормальная конфигурация" и что пользователи запускают на сервере?
http://technet.microsoft.com/ru-ru/l...09(WS.10).aspx