как-то так:
Код:

@echo off
SETLOCAL EnableDelayedExpansion
set $SRC=d:\pics
set $DST=d:\new
for /r "%$SRC%" %%a in ("*.jpg") do for /f "tokens=3 delims=./ " %%y in ("%%~ta") do (
if not exist "%$DST%\%%y" md "%$DST%\%%y"
if not exist "%$DST%\%%y\%%~nxa" (move "%%a" "%$DST%\%%y\">nul) else (set $n=1
for /f "delims=" %%i in ('dir/b/a-d "%$DST%\%%y\%%~na_*%%~xa"2^>nul') do (
if exist "%$DST%\%%~na_!$n!%%~xa" set/a $n+=1)
ren "%%a" "%%~na_!$n!%%~xa"&& move "%%~dpna_!$n!%%~xa" "%$DST%\%%y\">nul
))
P.S. не забудьте про резервную копию папки перед экспериментами... ;)