milhinsa,
Надо делать по варианту а). Gui интегратор не корректно обрабатывает MSST.ini, созданный последеней версией MSSTMake. Если же пользоваться не последней версией MSSTMake, то не корректно обрабатывается сами драйвера.
Правда при не использовании интеграции драйверов текстового этапа при помощи GUI пропадает возможность использования мультизагрузки, создававемой с помощью GUI/ Если нужна мультизагрузка, а также правильная интеграция драйверов, то можешь воспользоваться моим аддоном
MultiBootDisk