[Sham]

настройки JS не связаны с сертификатами (отдельная настройка). Вы сами должны знать, какие у вас настройки зон у юзеров, и исходя из этого делать вывод. Если общие настройки запрещают скрипты для зоны "интернет", то домен нужно добавлять в доверенные (инструкцией юзеру, или автоматизированно).
Это дело сисадмина вообще-то (добавление сертификатов и доменов в доверенные).