[kuku1]

Все и всегда NTFS. Сколько бы там чего в этом vhd ни занимало, это не должно быть иметь размер пару гигов.
В итоге я пришел к следующему, может кому будет полезно.
Формат vhd удобный, но сильно неоптимальный мягко говоря. Приходится делать костыль в виде архивации vhd-дисков в rar файлы. Архиватор это продвинутый, развивается, позволяет выбирать файлы по дате (например за прошедший день), делать солид-архивы, хранить версии и имеет продвинутые экспериментальные настройки супер-архивации. В общем, можно сказать что лучше rar сжать нельзя.
Я использую для сжатия диска такой бат-файл:
"C:\Program Files\WinRAR\rar.exe" u -r -as -ep2 -ibck -m5 -dh -ms -ri1 -ver5 -ed -x%1:\*RECYCLE*\* %1.rar %1:\ > %1.log
Обновление файлов в готовом архиве занимает пару минут и слабо нагружает
процессор. Размер файла меньше размера диска в 2-10 раз.
Памяти сейчас много, ядер процессора тоже и почему не сжимать диски vhd разумно-фоново я не понимаю. Может Рошал и напишет когда-нибудь нахлобучку чтобы она эмулировала vhd-диска на rar-архивах, но это получится тогда какой-то Acronis.