Если вы хотите получить единый файл, может быть лучше выбрать формат MKV, который поддерживает несколько субтитров и звуковых дорожек в одном файле? И ничего вшивать не придётся, пользователь сам выберет нужные субтитры, и подредактировать если что можно. В общем одни плюсы. Для этого можно использовать, скажем,
MKVtoolnix