Добрый Windows вытирает MBR, где живёт GRUB. Надо восстановить. Первое что попалось в гугле на эту тему
http://www.howtogeek.com/howto/ubunt...-wipes-it-out/
ЗЫ там речь идёт о GRUB1, у свежих версий убунты используется загрузчик GRUB2, у которого синтаксис совсем другой и мне лень искать.