Я не знаю какое имя будет у ключей. Я знаю только часть пути куда они ведут. В этом и загвоздка.
Поэкспериментировав установил что если в устанавливаемом командой set ключе убрать самый последний слэш, то батник начинает работать на половину. А именно:
Запускаем такой батник
Код:

set sKey=HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
for /f "delims= " %%i in ('reg.exe query "%sKey%" ^| find /i "MegaFon"') do (reg.exe delete "%sKey%" /v "%%i" /f >nul)
То получаем такую ошибку
Код:

C:\>set sKey=HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
C:\>for /F "delims= " %i in ('reg.exe query "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run" | find /i "MegaFon"') do (reg.exe delete "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run" /v %i /f 1>nul )
C:\>(reg.exe delete "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run" /v Mobile /f 1>nul )
Ошибка: Не удается найти указанный раздел или параметр в реестре.
C:\>pause Для продолжения нажмите любую клавишу . . .
Получается он находит ключь правильно, но передаёт на удаление часть ключа до пробела. Поэтому не срабатывает