[NiOl]

Не знаком с vbs и аналогами, но
1. Вы правите реестр, его изменения надо подгрузить в оперативку. Попробуйте gpupdate, может даже с ключиком "/force" - но команда запросто может потребовать ту самую перезагрузку...
2. Кроме создания новых папок нужно отслеживать и как минимум за файликом "Desktop.ini", а если используется режим с веб-расширениями, то там еще появляется html-ка с расширением кажется ".ht" (уже точно не помню, баловался с этим еще под 98й).