[yurfed]

-ZooM-, смотрите ключи из запуска командной строки. Например: хххххх.ххх /S или вместо S, может быть /Sailent.
Вариантов много. Смотреть конкретно что за программа.
Возможен вариант, когда окна с запросом будут появляться, но будут сами нажиматься кнопки и вводиться текст. Просто будет видно всё, что происходит.
Что нужно конкретно?