Grey_rnd, тут есть рациональное зерно. Дело в том, что встроенный дефрагментатор не может обработать файлы, открытые для эксклюзивного доступа, например, системой. Ну по кр. мере так было раньше... насчет Vista/7 надо рыться.
/upd. В Vista/7 то же самое
PageDefrag решает проблему, но совместимость с Vista/7 под большим вопросом, т.к. программа давно не обновлялась.