Потребовалось из скрипта запустить батник, который кое-какие махинации делал в C:\Windows\System32
Запустил инсталлер на Windows 7 x64 , и он там заработал некорректно, вместо System32 полез в SysWOW64. Ну да, инсталлятор то х86 компилится, соответственно и cmd.exe для батника вызывается "неправильный"... вобщем, в итоге я его запустил в C:\Windows\System32, а свои изыскания оформил в статью:
Запуск "родного" x64 процесса из x86 инсталлятора NSIS. Перенаправление папок
Надеюсь, будет полезно кому-то ещё.