подозреваю, что где-то используется %%A, а где-то %%a:
Код:
![Выделить весь код](images/misc/selectcode.png)
for /f "tokens=*" %%A in ('dir /b/s *.bin') do tool.exe -o -f "*.bin" n-unpacker.ms "%%A" "%%~dpa."
регистр должен быть одним:
Код:
![Выделить весь код](images/misc/selectcode.png)
for /f "tokens=*" %%A in ('dir /b/s *.bin') do tool.exe -o -f "*.bin" n-unpacker.ms "%%A" "%%~dpA."