У меня и Парагон и встроенное архивирование сохранили оба системных раздела сразу. Восстанавливать еще не приходилось, но загрузочные записи-то останутся в копии и должны восстановиться.
P.S. Не знаю как на сегодняшний день, но год назад последняя на то время версия Акрониса убила семерку легко и непринужденно
