[okshef]

Итак, причина и решение найдено:

Причина: перенос профиля пользователя с помощью средства переноса, при условии сохранения всех данных и настроек исходного профиля.

Решение: открыть отображение скрытых и системных файлов и удалить содержимое папки c:\Users\"Имя пользователя"\AppData\Roaming\Microsoft\Crypto\RSA\

После этого сертификат успешно создается.