[DJ Mogarych]

В мю-торренте можно задать, куда что складывать, и он будет сортировать всё своё хозяйство автоматически, в зависимости от статуса того или иного файла.

Если хочется держать маркерные файлы .torrent на флешке или ещё где, можно воспользоваться синхронизатором типа ICE Mirror.