Если в папке директории только с именами, соответствующими номерам, то поддиректорию с номером на 1 больше максимально существующей можно создать как
Код:

Set Where=D:\Delete
Set /A MaxNum=1-1
FOR /F "usebackq delims=" %%i IN (`Dir /B /A:D %Where%`) DO Call :CounMax %%i
Md "%Where%\%MaxNum%"
GoTo :Eof
:CounMax
if %1 GEQ %MaxNum% Set /A MaxNum=%1+1
GoTo :Eof
Или вот еще вариант
Код:

Set Where=e:\Delete
SETLOCAL ENABLEDELAYEDEXPANSION
Set /A MaxNum=1-1
FOR /F "usebackq delims=" %%i IN (`Dir /B /A:D %Where%`) DO if %%i GEQ !MaxNum! Set /A MaxNum=%%i+1
Md "%Where%\%MaxNum%"