Возможен вариант с использованием ф-ии : _ArrayEx.au3 см.
Multidimensional array to string and back
Код:

#include "_ArrayEx.au3"
$sCompare_File = "Compare.ini"
$sSample_File = "Sample.ini"
$aCompare_Sect = IniReadSection($sCompare_File, "HG")
$aSample_Sect = IniReadSection($sSample_File, "JK")
$sSample_SectText=_ArrayToStringEx($aSample_Sect, "|")
$sCompare_SectText=_ArrayToStringEx($aCompare_Sect, "|")
If $sSample_SectText = $sCompare_SectText Then
$sInfoText="Данные секций совпадают"
Else
$sInfoText="Данные секций НЕ совпадают"
EndIf
MsgBox(64, "Info" ,$sInfoText)
но он работает на порядок медленнее