[Petya V4sechkin]

Речь может идти и, в том числе, об удалении целых веток реестра

Если удаление затрагивает сам функционал восстановления системы, естественно, будут проблемы. В этом случае придется использовать оффлайн методы (консоль восстановления или ERD Commander).