Mishechka, скачал, скомпилировал с вышеуказанными настройками, запустил получившийся exe-шник, после закрытия программы папку (пустую) удаляет.
Возможно вы пытаетесь запустить cmd-скрипт или уже скомпилированный файл на x64-системе, где папка Program Files для х86-программ имеет другое название, поэтому последнюю строчку напишите так:
Код:

RD "%ProgramFiles%\Xenocode"