[Petya V4sechkin]

можно ли ее удалить?

Нет.

является ли папка Boot на D причиной того, что он считается системным

Диск D считается системным, потому что он активный (с него начинается загрузка). Диск C - логический, поэтому его нельзя сделать активным. Активным может быть только основной (Primary) раздел.