baa123, да где угодно сохраните и просто пропишите путь в ярлыке в поле Объект. Например, если файл в папке с программой, путь такой:
Код:

<путь>\Total Commander\TOTALCMD.EXE "I=имя_файла_общих_настроек.ini" "F="имя_файла_настроек_FTP.ini"
Вопрос вообще не имеет отношения к операционной системе.