[Misha hm]

Перекодировать было не нужно. Проследите, чтобы в пунктах Audio и Video стояло Copy, а в меню Format выберите, например, Mpeg-PS (A+V).
Если опять не получится, то попробуйте это:
http://www.realconvert.com/all_media_fixer_2008_pro.htm