Вот еще нашел элегантный способ, скрывать элементы, без правки файлов, через WinApi функцию.
Код:
!Include "Mui.nsh"
!define MUI_CUSTOMFUNCTION_GUIINIT MyGUIInit
!insertmacro MUI_PAGE_INSTFILES
!insertmacro MUI_LANGUAGE "Russian"
OutFile "OutFile.exe"
!macro DestroyWindow HWND IDC
GetDlgItem $R0 ${HWND} ${IDC}
System::Call 'user32::DestroyWindow(i R0)'
!macroend
Function MyGUIInit
!insertmacro DestroyWindow $HWNDPARENT 1039
FunctionEnd
Section
SectionEnd
1039 - указатель на иконку в заголовке.
То бишь, зная указатель, можно и скрывать другие элементы.