Столкнулся недавно с подобной проблемой... бился пару дней.
В моем случае причина была в отключенном автозапуске КД (средствами GP и антивируса).
Установка дров руками (через setup с диска) визуально отличается от установки установки при старте авторана - автоматически доставлялось еще какое-то приложение, похоже, отвечающее за работу со сканером
Т.о., как ни банально звучит, но решение было в установке драйвера с прилагаемого компакт-диска стандартными средствами ОС (через autorun).