Лучше поздно, чем никогда.
Столкнулся с такой же проблемой: не запускаются batch files from Task Scheduler 2008 R2.
Решение нашел здесь:
http://www.vistaheads.com/forums/mic...-bat-file.html
Все дело в волшебных кавычках.
Применительно к первому посту из этой ветки, решение должно быть таким:
Program/script - "c:\windows\system32\cmd.exe" - в кавычках.
Additional parameters - "/C c:\scripts\upload.cmd" - в кавычках.
Start in - c:\scripts\ - БЕЗ кавычек.
Мне эти кавычки помогли.
