[QRS]

Правильно ли я понял, что если создать новую учетную запись с правами администратора, то программа не будет в ней запускаться? Если так, то вероятно проблема в прописанных где-то настройках.
Если под другим администратором программа запускается, то дело в правах.

В любом случае, для поиска файлов, к которым обращается программа можно использовать утилиту FileMon (из комплекта SysInternals), для мониторинга обращений к реестру - RegMon.

Вопрос: пробовали устанавливать (запускать setup) и запускать саму программу в режиме совместимости с WinXP\win2000?