[NiOl]

сначала их скопировать, а затем удалить.
запустите ftp.exe и в нем наберите help - получите все команды. Вам подойдет либо delete, либо mdelete - во втором случае указываете маску для удаления нескольких файлов. Команду вставляете сразу после get/mget