[Shpionus]

Не очень наблюдал за этим. Надо учитывать что после отработки Runonce начинается настройка профиля пользователя-админа возможно что во время отработки вашего Runonce, раздела [HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run] или вобще не существует, или он перезаписывается, вобщем там что-то скорее всего связано с последовательностью выполнения команд.