[FATruden]

В принципе, запустить графическое приложение не осуществив вход в систему оказалась не реально)
Проблему решил следующим образом:
1. Разрешил автоматический вход для своей учетной записи.
2. Добавил в автозагрузку скрипт подымающий виртуальные машины сразу после входа в систему.

#!/bin/bash

vmware -x /имяМашины.vmx

3. Добавил в автозагрузку скрипт блокирующий экран через 5-сек после входа в систему.

#!/bin/bash

sleep 5s
gnome-screensaver-command —lock


Блокировка экрана происходит принудительно, тойсть у потенциального злоумышленника есть примерно 1-2 секунды что то сделать....