Несоответствие геометрии системной платы достаточный повод для замены, учитывая технологию изготовления многослойных печатных плат. Это явная деформация - меняйте по гарантии, пусть отказывают с составлением технического заключения, мотивируйте тем. что деформация может вызвать дефект системной платы в дальнейшем.
