Да это вы не поняли. Windows не понимает файловых систем, которые используют unix-системы, к коим относится и FreeBSD. Посему WinPE не может разобраться какая файловая система на диске и думает, что произошел сбой. Просит запустить chkdsk для проверки ФС. Бесполезно - chkdsk тоже не знает FFS (наверное она на диске). Посему вам перед установкой Windows надо отформатировать диск в ФС, понятной Windows. Сделать это можно м помощью любой прожки, запускающейся из под Linux. Например Acronis Disk Direktor. Загрузочный диск ADD без труда найдете в сети...
