Или, если не нужно отделять название программы и название exe, то еще попроще:
Код:

$sProgtoDel = 'test1.exe' ;прога для удаления.
$sProgNametoDel = 'test1' ; имя exe для удаления
$sName=IniRead (@ScriptDir & "\config.ini", "proga", "proga", "")
$aNames=StringSplit($sName,"|")
$sName=""
if IsArray($aNames) then
for $i=1 to $aNames[0]
if $aNames[$i]<>$sProgtoDel&"="&$sProgNametoDel then $sName &=$aNames[$i]&"|"
next
IniWrite (@ScriptDir & "\config.ini", "proga", "proga", '"'&StringTrimRight($sName, 1)&'"')
endif