[semiono]

Сначала запускается приложение MyProg.exe, потом оно закрывается через ProcessClose()
и файл MyProg.exe удаляется, после чего на его место копируется обновлённая версия MyProg.exe.
Это нужно было для того чтобы в реестр записать установки, так как новая версия MyProg.exe
этого зделать не может, так как она из апдейта идёт. Вообщем подмена такая хитрая.
Ну буду думать дальше что за трабла там... Может с кампиляцией что-то не так?

У меня всегда варианты запуска установленны повсюду:
1. HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\App Paths\MyProg.exe
2. @SystemDir & "\MyProg.cmd"
Однако, ShellExecute() явно указывает на рабочую папку, причём циклический запуск нигде не предполагается.

Вот сейчас ещё подумалось, может само приложение MyProg.exe так устроенно зачем-то изнутри...
Тогда автоит не причём если так. Ладно, ОК!