[comsun]

ux4zm, по порядку:

1. ISTools при своём запуске предлагает доустановить Inno Setup), т.к. директории {pf}/Inno Setup нет,но есть {pf}/Inno Setup 5.3.9 Pack). Нажать "Нет" на предложение скачать и установить Inno Setup,открыть скрипт в ISTools ,вызвать из него компиллятор Inno Setup - Bсё видится и вызывается . Все соответствующие пути прописаны и Править ничего не надо!
2. ISSJoiner и ISTools устанавливаются в свои законные директории,иначе полноценная работа невозможна.
3. InnoUnpacker у вас какой версии? Если из данного пака,то всё открывает, зачем же так?)
4. При деинсталляции удаляется всё,кроме всё тех же ISSJoiner и ISTools),у них свои пути установки и естественно свои деинсталляторы. Если вы пройдётесь по всем пунктам меню в Пуск - Все программы - Inno Setup 5.3.9 Pack ,то найдёте соответствующие деинсталляторы.)