Очень странно.. Старый контроллер после манипуляций с исой еще работает? Если попробовать допустим XP ввести в домен? Если работает, то его наврядли нужно трогать..
Сейчас попробовал поставить Win2008StdR2, ввел в домен - никаких проблем. Хотелось бы взглянуть на новый сервер.. Если вообще возможно, можете сделать доступ по RDP, параметры скинуть мне на ящик. Может чем и помогу. А так пока мысли кончились