Ну явная пауза секунд в двадцать.
После входа в десктоп спустя это время потом шустренько запускаются одна за другой проги из раздела HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run, из HKCU тоже самое, но особо не проверял. Однако тут наверно на вскидку можно что-то предположить, но ситуация нелепая, так как всё работало.
Единственное что я делал, это CDROM в биосе отключал на время, так как сейчас флешкой можно
обходится и потом включил обратно. Вообщем, тут я сам наверно разберусь. Спасибо за ControlSet003, сразу много узнал!