Сделать, чтоб запускался только у администраторов, т.е. перепрописать из ветки
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
в ветку
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
То же самое. Хотя, софт для серверного бесперебойника вообще не запускается пользователем, а висит сервисом.