По крайней мере в восьмой версии «ABBYY FineReader» и только в «профессиональной» (т.е., как уже упомянуто выше — будет из весьма не бесплатных) редакции продукта есть поддержка командной строки «FineOCR.exe» (само собой, отдельно, без самого установленного продукта, работать не будет). Описание дано в файле «FineOCR.txt».
Вот здесь я игрался с сим, правда, вызывал не напрямую, а через AutoIt — поскольку делал образец на примере распознавания текста в окне Mozilla Firefox.