Проблема оказалась действительно в винчестере. Вот обсуждение по этому поводу:
http://community.wdc.com/t5/Desktop/...slow/td-p/7581
Advanced Format не поддерживается операционной системой windows xp, даже если воcпользоваться WD align
Вот цитата:
At the same time, there are some disk space savings and small performance gains (provided that the operating system aligns input/output requests properly to disk's physical sectors, which is the exact problem here).
Перевод: Advanced format дает некоторое увеличение производительности, но только если операционная система правильно сопоставляет запросы ввода/вывода с физическими секторами, чего она, к сожалению не делает.
