[lxa85]

и не могу понять какой утилитой происходит копирование в архив »

в конечном счете утилита окажется банальным cp
что-нибудь типа

PHP код:

cp -r *.doc /mnt/public /mnt/backup 

ну может чуть по хитрее, в скрипт упрятанное.