1. Можно взять
RegMon и отследить, на чем спотыкается.
Запускаете RegMon -> меню Options -> Filter/Highlight -> снимаете галку Log Successes.
Далее пытаетесь установить IE и смотрите в RegMon ошибки.
2. Или вариант попроще: скачайте
ResetPermissions.zip, распакуйте в отдельную папку и запустите ResetPermissions.cmd (выполняться будет долго, дождитесь окончания).
P. S. Если система английская, в скрипте надо заменить строку Администраторы на Administrators.