Не советую что-либо делать (в смысле изменять размеры и т.д.) с разделом, на котором у вас хранится важная информация. Может и возможны разные подобные операции с полной сохранностью данных, но лучше не рисковать. Лично я предпочитаю всю инфу сливать куда-нибудь, а после проводить издевательства над разделами.
Насчет проги: посмотрите где она хранит свои профиля, настройки и т.д. (обычно в папке /home/имя_пользователя есть куча скрытых папок типа .wine, .seamonkey, .cxoffice и т.д.), хотя впрочем это не так уж и важно. Для разбивки дисков рекомендую gparted. Два неиспользуемых виндозных раздела удаляете, вместо них создаете один и форматируете его в нужную файловую систему (ext3, ext4, reiserfs). Дальше перемещаете всю свою папку /home на свежесозданный раздел (лучше всего это сделать загрузившись с какого-нибудь LiveCD типа PartedMagic) и правите файл /etc/fstab:
Код:
/dev/sda1 / ext3 defaults 1 1
/dev/sda5 swap swap defaults 0 0
/dev/sda6 /home ext3 defaults 1 1
что-то вроде этого, это при условии, что разделы у вас созданы подобающим образом - /dev/sda1 - primary, /dev/sda5 и /dev/sda6 - logical (сначала на неразмеченном месте создается extended-раздел, а в нем создаются логические). Только не удаляйте все содержимое файла /etc/fstab, просто подправьте нужные строки.
