Чтобы исключить проблему жоского диска, первым делом сделайте стандартный полный чек диск с автоматическим исправлением. После проверьте. Если проблема осталась то скорее всего это система.
Далее, мне кажеться стоит установить програмки типа ProcessExplorer и посмотреть "левые" процессы, позавершать их, проанализировать как винда на это реагирует. Возможно это даст понять в чём конкретно беда и дальше уже смотреть, будь то вирь - удалять кучями милионов антивирусного (каким любите таким и проверяйте, но лучше проверить разными, допустим курейтом, затем авп_тулзом и после AVZ`ом)
Если беда не в вирусах, то значит что-то с системой и возможно с системными файлами. а значит
вам сюда .
Ну ежели ничего не поможет - то буржуйский формат с решает многие беды.